Trước đây, từ năm 1989 về trước Trường là phân hiệu của trường Tiểu học Tân Thạnh Đông 2. Đến tháng 8 năm 1999 tách trường và thành lập Trường Tiểu học Tân Thạnh Đông 3 theo Quyết định số 525/QĐ- UBND Ngày 27 tháng 8 năm 1999 của Ủy ban nhân dân huyện Củ Chi.
Lúc mới thành lập trường chỉ có 15 phòng gồm phòng học, thư viện và phòng làm việc của Ban giám hiệu (là những phòng trệt bán kiên cố). Sau đó trường được trùng tu sửa chữa nâng cấp 03 lần, lần cuối trùng tu và xây thêm các hạng mục thi công suốt năm học 2018-2019 và hoàn thành đưa vào sử dụng đầu năm học 2019-2020.
Trường tọa lạc tại địa chỉ số 655, tỉnh lộ 15, ấp 6, xã Tân Thạnh Đông, huyện Củ Chi, TPHCM. Đây là khu vực nông thôn mới phát triển, dân cư khá đông đúc. Người dân sống bằng nhiều nghề buôn bán, chăn nuôi bò sữa, trồng trọt và nhiều hộ cha mẹ học sinh là công nhân, người lao động làm thuê. Hộ tạm trú khá nhiều.
Trường có tổng diện tích khuôn viên là 6554m2 ,với diện tích xây dựng là
1879m2 , chia làm 4 khối nhà : 3 khối phòng học và phòng chức năng và 1 khối nhà bảo vệ, nhà để xe.
Cụ thể các phòng như sau:
+Trường có 26 phòng học, mỗi phòng đầu có đủ bàn ghế, tủ, kệ, đèn quạt, Ti vi, loa và thiết bị dạy học tối thiểu.
+ 5 phòng hành chính : Văn phòng, phòng Hiệu trưởng, phòng Phó Hiệu trưởng, phòng Y tế, phòng Đoàn Đội.
+Phòng chức năng gồm : Phòng Thư viện , phòng Tin học, phòng Ngoại ngữ, phòng Âm nhạc+ Mĩ thuật, phòng Tư vấn.
Có 1 phòng dùng làm phòng ăn cho học sinh bán trú, 1 phòng làm phòng truyền thống và lưu trữ.
Trường có 04 khối nhà vệ sinh: 02 của học sinh và 02 của giáo viên.
Ngoài ra trường có 01 nhà xe giáo viên và 01 phòng bảo vệ ; 2 nhà kho có diện tích nhỏ.
Trường có sân chơi rộng 1850m2 , thuận lợi cho học sinh vui chơi, sinh hoạt dưới cờ và tập thể dục, chơi các môn thể thao.
Hằng năm, nhà trường đều có kế hoạch cải tạo, sửa chữa, bổ sung các trang thiết bị để phục vụ tốt cho việc dạy và học. Đảng ủy, chính quyền và các ban ngành đoàn thể địa phương luôn quan tâm hỗ trợ cho nhà trường. Ban Đại diện cha mẹ học sinh nhiệt tình, phối hợp tốt với nhà trường trong việc giáo dục học sinh và hỗ trợ cải tạo cơ sở vật chất.
Trong những năm học trước đây, Trường Tiểu học Tân Thạnh Đông 3 đều được Ủy ban nhân dân huyện công nhận “Tập thể Lao động Tiên tiến”, riêng năm học 2015-2016 nhà trường được tặng danh hiệu “Tập thể Lao động Xuất sắc”. Nhiều năm liền, Chi bộ được công nhận “Trong sạch vững mạnh” và “Hoàn thành tốt nhiệm vụ”; Công đoàn đạt danh hiệu “Công đoàn vững mạnh”; phong trào Thể dục thể thao của nhà trường đạt tiên tiến cấp Huyện.
Trong năm học 2022-2023 trường có 26 lớp (từ lớp 1 đến lớp 5, mỗi khối có 5 lớp, riêng khối 1 có 6 lớp), toàn trường có 1015 học sinh. Từ năm học 2019-2020 đến nay có 100% học sinh được học 2 buổi/ ngày.
Tổng số CB-GV-CNV : 40, Trong đó:
Cán bộ quản lý: 02; Giáo viên: 33; Công nhân viên: 05
Nhiệm vụ của trường thực hiện theo Điều 3, Điều lệ Trường Tiểu học Ban hành theo Thông tư 28/2020/TT-BGDĐT ngày 04 tháng 9 năm 2020. Trong đó nhiệm vụ trọng tâm là: tổ chức giảng dạy, học tập và hoạt động giáo dục đạt chất lượng theo mục tiêu, chương trình giáo dục phổ thông cấp Tiểu học do Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo ban hành; huy động học sinh ra lớp đúng độ tuổi và phối hợp với cha me học sinh, các đoàn thể tổ chức các hoạt động giáo dục khác nhằm phát triển toàn diện cho học sinh.
Những năm qua, Trường Tiểu học Tân Thạnh Đông 3 luôn được sự quan tâm, chỉ đạo sâu sát của Phòng Giáo dục và Đào tạo huyện Củ Chi, sự hỗ trợ tinh thần và vật chất của Ban Đại diện Cha mẹ học sinh nhà trường. Đội ngũ cán bộ, giáo viên, nhân viên của nhà trường luôn đoàn kết, nêu cao tinh thần trách nhiệm, phấn đấu vì nhiệm vụ chung. Nhà trường có chi bộ Đảng độc lập, tất cả đảng viên luôn nêu cao tinh thần trách nhiệm, gương mẫu và có năng lực tập hợp quần chúng. Các đoàn thể phối hợp tốt, hỗ trợ đắc lực cho các hoạt động chung vì mục đích giáo dục. Giáo viên tận tâm với nghề, năng động, có nhiều đổi mới trong phương pháp dạy học. Học sinh có nhiều nỗ lực trong học tập và tham gia tích cực các phong trào.Đạt các chỉ tiêu do cấp trên giao hàng năm.
Tháng 5/2021, trường được Sở Giáo dục và Đào tạo Thành phố Hồ Chí Minh công nhận đạt kiểm định chất lượng giáo dục cấp độ 1 theo quyết định số 1220-34/QĐ-GDĐT ngày 14/05/2021.